山东省财政厅内设19个职能处室和省农村综合改革办公室、离退休干部处、机关党委。职能处室分别是：办公室、综合处（挂省清理规范津贴补贴办公室牌子）、法规处、税政处、预算处、国库处、政府采购监督管理处、行政政法处、教科文处、经济建设处、农业处、社会保障处、企业处、金融与国际合作处（挂省世界银行贷款管理办公室牌子）、基层财政管理处、会计处、行政事业资产处（挂省清产核资办公室牌子）、监督检查局、人事处。
办公室
主要任务：组织协调厅机关日常工作；拟订工作制度、工作计划并监督实施；负责厅机关文电、信息宣传、机要、档案、安全保密、应急管理、信访、政务公开、督查督办、会议组织等工作；负责厅机关综合性文稿起草、政策研究等工作；负责厅机关财务、国有资产管理工作；指导厅直属单位和派出机构财务、国有资产管理工作。
综合处 （省清理规范津贴补贴办公室）
主要任务：分析预测宏观经济形势并提出有关政策建议；研究提出有关收入分配政策和改革方案；管理住房改革资金；会同有关部门拟订土地、矿产等国有资源收入政策；拟订政府非税收入管理制度和政策，会同有关部门审批和申报行政事业性收费的立项；承担彩票管理的有关工作；承担清理规范公务员津贴补贴的具体工作；制定财政票据管理规章制度。
法规处、税政处 （合署）
法规处主要任务：审核上报财政、税收、相关国有资产管理的地方性法规、规章立法计划，组织拟订有关法规、规章草案；审核其他法规、规章草案中有关财政税收的条款；承担厅机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办国家赔偿费用管理工作；承担有关行政复议、行政应诉工作。
税政处主要任务：提出实施税制改革和地方性税种增减、税目税率调整、减免税以及对省级财政影响较大的临时性特案减免税等重大事项的建议；提出关税和进口税收政策建议；拟订省管理权限内的税收政策；开展税源调查分析；承办国务院关税税则委员会办公室交办的有关事项；负责地方税务方面的部门预算有关工作。
预算处
主要任务：提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政规划的建议；编制年度省级预决算草案，办理预算追加事宜；承担省级部门预算审核、批复、调整工作；承担省级部门支出标准体系建设及项目库管理工作；研究建立财政支出绩效评价制度和评价体系；承担省对市、县（市、区）的转移支付工作，汇总年度全省财政预算；负责直接管理纳入改革范围的县（市）财政工作；拟订地方政府性债务管理制度和办法；管理财政预算内行政机构、事业单位和社会团体的非贸易外汇。
国库处
主要任务：组织预算执行及分析预测；组织执行总预算会计、行政单位会计及政府会计制度；组织拟订国库管理制度、国库集中收付制度；管理省级财政和预算单位账户、财政决算及总会计核算；负责省级财政资金调度；承担国库现金管理的有关工作；承担国债、地方政府债券发行和兑付有关工作。
政府采购监督管理处
主要任务：拟订政府采购规章制度和有关政策；拟订年度省级单位政府集中采购目录和有关限额标准；负责省级单位政府采购计划编制审核，采购方式审批；负责政府采购代理机构资格认定；承担政府采购信息管理、聘用专家管理、投诉处理、省级集中采购机构考核与业务指导等工作。
行政政法处
主要任务：承担行政、政法、外事等方面的部门预算有关工作，拟订相关财政政策；拟订行政性经费的财务管理制度和国（境）外机构人员生活待遇标准，参与拟订监狱、劳教等系统有关财务管理办法；提出所联系部门和单位的年度预算安排建议，审核其年度财务决算；承担统一着装管理有关工作。
教科文处
主要任务：承担教育、科技、文化等方面的部门预算有关工作，拟订相关财政政策；拟订事业单位通用的财务管理制度，拟订新闻、出版和电影行业的财务管理制度；提出所联系部门和单位的年度预算安排建议，审核其年度财务决算；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作，按规定管理重大科技专项资金。
农业处
主要任务：承担农业、林业、水利等方面的部门预算有关工作，拟订相关财政政策；拟订财政支农资金管理办法和相关行业财务管理制度；提出所联系部门和单位的年度预算安排建议，审核其年度财务决算；管理支农专项资金，管理政策性农业和扶贫专项贷款贴息，统筹安排财政扶贫资金。
社会保障处
主要任务：承担人力资源和社会保障、民政、卫生等方面的部门预算有关工作，拟订相关财政政策；提出所联系部门和单位的年度预算安排建议，审核其年度财务决算；会同有关部门管理省级财政社会保障和就业及医疗卫生支出、拟订有关资金（基金）财务管理制度；承担社会保险基金财政监管工作；编制省级社会保障预决算草案；汇总审核全省社会保险基金预决算草案。
金融与国际合作处（省世界银行贷款管理办公室）
主要任务：拟订地方金融类企业财务管理制度，按规定承担地方金融类企业国有资产管理有关工作；拟订担保业相关政策、制度并实施监督管理；承担政府外债的有关管理工作，按规定管理外国政府贷（赠）款；研究分析涉外财经问题，负责我省与国（境）外财经交往与合作事宜；参与贷（赠）款、担保和联合融资的对外谈判、转贷（赠）、偿还工作，监督资金的使用；承担清洁发展机制基金和项目管理有关工作。
基层财政管理处
主要任务：负责契税、耕地占用税的征收管理；拟订乡镇财政财务管理的有关制度、办法并组织实施，指导乡镇财政、财务管理；监督管理村级财政资金；监督检查财政用于“三农”的资金使用情况；指导全省“乡财县管乡用”改革工作。
会计处
主要任务：提出会计改革的政策建议，拟订有关规章制度；指导和监督注册会计师、会计师事务所业务工作；负责会计从业资格管理工作；按规定承担会计专业技术资格管理工作；组织指导会计人员的业务培训；指导和监督会计电算化工作；指导和管理社会审计。
行政事业资产处 （省清产核资办公室）
主要任务：拟定行政事业单位国有资产管理规章制度并组织实施；指导监督全省行政事业单位国有资产管理工作；按规定承担省级行政事业单位国有资产管理有关工作。
监督检查局
主要任务：拟订财政监督检查的政策和制度；监督财税法规、政策执行及预算编制和执行情况，承担监督检查会计信息质量和注册会计师行业执业质量的有关工作，依法查处违法行为；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；管理与指导财政检查办事处业务工作。
人事处
主要任务：负责厅机关、直属单位和派出机构的人事管理、机构编制工作；指导本系统教育培训工作和队伍建设。
省农村综合改革办公室
主要任务：拟订全省农村综合改革规划、方案和政策措施，指导和推动全省农村综合改革；承担省农村综合改革领导小组的具体工作。
离退休干部处
主要任务：负责厅机关离退休人员的管理服务工作，指导厅直属单位离退休人员的管理服务工作。
机关党委
主要任务：负责厅机关和直属单位的党群工作。
纪检监察室
主要任务：根据省纪委、省监察厅和厅党组、纪检组的部署，负责厅机关、直属单位和派出机构的纪检监察工作。
