1941年,宫崎骏于东京的都文京区出生,他曾毕业于杉并区立永福小学校、杉并区立大宫中学校、东京都立丰多摩高等学校及学习院大学政治经济学院。在第二次世界大战中因战时疏散,举家迁往宇都宫市和鹿沼市。宫崎骏在家中兄弟里排名第二,父亲是宫崎家族经营的“宫崎航空兴学”的职员。正是由于父亲的职业,让他对动漫事业如此痴迷,他喜欢并且深爱着这份事业。
生活越过越好,他的家族也开始经营了一个飞机工厂,工厂是属于军工企业,所以战争后期物质匮乏中也能保持颇为温饱的生活,宫崎骏度过了相当自由的幼年生活。然而在这种环境下长大的宫崎骏却意外地对家族的特权产生了怀疑。这既是他未来创作所批判的观点,也是他对于动画如此痴迷的原因。
但是宫崎骏的父亲告诉他,其实宫崎家族生产的飞机尾翼根本不符合标准,全是些没有经过正规培训的临时女工制作加工的,只需贿赂下军方管理人员,产品就可以蒙混过关。这些在大人们看来无可厚非的把戏,却在宫崎骏的内心留下了抹不去的痕迹,引发了他对人性的思考,影响了他之后从事动画导演的创作风格。宫崎骏自幼由于身体不好,故不擅长运动,也因此对静态的绘画很有天分,特别对于飞机感到兴趣,并成为终身的爱好。