怎么在NCBI里面找到目的基因的CDS
找几个近源的物种的该基因clustal，找出几个长度大于20的保守区，在这几个保守区域拉几条引物，放到primer5里评一下分，找一对分数高的引物，产物长度200-1000bp都可以，扩去就行了。如果找不到完全一致的引物，就在不一样的那个碱基上设计成简并的。
如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。 因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的，上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字，可以通过做比对来判断，可以尝试一下用BIOED
找几个近源的物种的该基因clustal，找出几个长度大于20的保守区，在这几个保守区域拉几条引物，放到primer5里评一下分，找一对分数高的引物，产物长度200-1000bp都可以，扩去就行了。如果找不到完全一致的引物，就在不一样的那个碱基上设计成简并的。
如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。 因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的，上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字，可以通过做比对来判断，可以尝试一下用BIOED
温馨提示：内容为网友见解，仅供参考
第1个回答 2020-12-20
怎么在NCBI里面找到目的基因的CDS
提取细胞总RNA然后用试剂盒反转录成cDNA，用cDNA作为模板扩增基因的CDS区，然后想要转染进细胞中。比如MYOD1基因，首先在NCBI找到它的mRNA序列，然后找到它的CDS序列，全部复制下来，在primer 5.0 中。正向引物直接从CDS的第一个核酸开始（比如18bp），反向引物从CDS最后一个核酸开始，向前选择序列（比如17bp），调节2个引物的长度（不一定要一致），尽量避免错配，二聚体，产生错的产物即可。最后在引物的5‘端添加酶切位点以及保护碱基。
提取细胞总RNA然后用试剂盒反转录成cDNA，用cDNA作为模板扩增基因的CDS区，然后想要转染进细胞中。比如MYOD1基因，首先在NCBI找到它的mRNA序列，然后找到它的CDS序列，全部复制下来，在primer 5.0 中。正向引物直接从CDS的第一个核酸开始（比如18bp），反向引物从CDS最后一个核酸开始，向前选择序列（比如17bp），调节2个引物的长度（不一定要一致），尽量避免错配，二聚体，产生错的产物即可。最后在引物的5‘端添加酶切位点以及保护碱基。
第2个回答 2020-12-18
使用NCBI查找基因序列教程
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