是的，只要余额宝的钱足够，花呗将会自动还款，不影响您的信用。
如果我们没有设置支付顺序，系统会按照余额>借记卡快捷/卡通（包含网商银行，按照用户使用习惯顺序扣款，最多轮询3张）>余额宝（需要开通余额宝代扣功能）自动扣款用于还款已出账单未还部分。
扩展资料：
用户在消费时，可以预支蚂蚁花呗的额度，在确认收货后的下个月的9号进行还款，免息期最长可达41天。除了“这月买，下月还，超长免息”的消费体验，蚂蚁花呗还推出了花呗分期的功能，消费者可以分3、6、9、12个月进行还款。
每个月10号为花呗的还款日，用户需要将已经产生的花呗账单在还款日进行还清。到期还款日当天系统依次自动扣除支付宝账户余额、余额宝（需开通余额宝代扣功能）、借记卡快捷支付（含卡通）用于还款已出账单未还部分。也可以主动进行还款。为避免逾期，请确保支付宝账户金额充足。如果逾期不还每天将收取万分之五的逾期费。
参考资料：百度百科-花呗-还款方式
对,只要余额宝有钱,在还款日十二点就会自动扣款。还款后支付宝会有提醒的。
花呗到期后，在还款日当天，系统会依次扣除支付宝账户余额、余额宝（开通代扣功能的）、借记卡快捷支付（含卡通）用于还款已出账未还清的欠款。需要注意的是，不能使用信用卡还款花呗。
此外，还款是按照账单生成先后顺序扣款，先支付逾期费用，后支付商品订单总金额。具体来说也就是，还款将先用于偿还逾期利息，再根据消费交易产生的时间依次偿还每笔交易的手续费、本金； 若还款资金仍有剩余，将用于偿还其他应付款项（包括但不限于贷款人为您垫付的费用及实现债权的费用，如诉讼费、律师代理费、公证费、催收费用等）。
每月10日为花呗的还款日，如果预计到还款日无法还清欠款最好申请分期还款，每月1至10号可以申请，申请额度不超过总欠款额度的90%，分期最高可分12期还款。不过分期还款会有一定的利息。
