交通事故司法鉴定费用先由申请人垫付,最后根据责任比例进行支付。
【法律依据】
根据《诉讼费用交纳办法》第十二条,诉讼过程中因鉴定等发生的依法应当由当事人负担的费用,人民法院根据谁主张、谁负担的原则,决定由当事人直接支付给有关机构或者单位,人民法院不得代收代付。
根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条,诉讼费用由败诉方负担,胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的,人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
共同诉讼当事人败诉的,人民法院根据其对诉讼标的的利害关系,决定当事人各自负担的诉讼费用数额。