拉瓦锡的另一大贡献是对化学物质的科学命名法。由于长达千年之久的炼金术时代的影响,当时许多化学物质的名称混乱不堪,缺乏系统性和规律性,常常与物质本身的组成和性质毫不相干。随着化学的发展,科学家们觉得越来越不方便。拉瓦锡联合了几位著名化学家,组成了“巴黎科学物质命名委员会”。经反复研究讨论,一致同意做出如下规定:每种物质必须有一个固定的、通用的名称,不得各自任意命名;单质的命名应尽可能表达出它的特征;化合物的命名要反映出其组织;对碱、酸、盐各类物质的命名,还做了具体的规定。他们建议对过去被称为金属灰的物质依照它们的组成命名为金属氧化物;酸类和碱类物质要使用它们所含的元素来命名;盐类则用构成它们的酸碱来命名。例如,“汞灰”应称为“氧化汞”,“矾油”应叫做“硫酸”等等。拉瓦锡和命名委员会的专家们合作编写了《化学命名法》一书,该书出版后,很快被译成多种文字,在世界各地迅速传播开来,得到了各国化学家的好评和赞誉,在实际工作中广泛采用这个新的命名法。
拉瓦锡及其同事们的这项开创性的工作奠定了现代化学术语命名的基础,给化学带来了前所未有的系统性和条理性。从此结束了化学物质命名长期混乱的局面。就是二百多年后的今天,许多化学物质的命名,还是按照当时的规则确定的。