民办学校举办者与法人不是一个人如何做

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你的问题需要区别该法人代表是学校的股东之一还是只挂名担任法人代表。
如果是学校股东，可以在股东协议及章程中明确约定双方的权利义务，还是很好处理的；
如果不是股东，只是挂名担任法人代表，就需要签订聘用协议，即聘用其担任学校的校长，同时担任法人代表。需要注意：1、财务制度要由举办者控制；2、学校的发展、对处债权债务处理，要求举办者决定；3、法人代表只是法律意义上的代表，不承担实际的涉及财产的责任；等等。
具体的可以与律师面谈。