考上研究生后协议自动解除，不用交违约金。
三方协议书只是毕业生、用人单位、学校三方之间签订的就业意向，不是劳动关系的法律文件，对劳动关系没有约束力；
只有毕业生到单位报到，并与单位签订了劳动合同或形成了事实劳动关系，意向变为现实之后，毕业生才能和用人单位形成正式的劳动关系。
三方协议签订原则
1、主体合法原则：
签订就业协议的当事人必具备合法的主体资格。
对毕业生而言，就是必须要取得毕业资格，如果学生在派遣时未取得毕业资格，用人单位可以不予接收而无须承担法律责任。
对用人单位而言，用人单位必须具有从事各项经营或管理活动的能力，单位应有录用毕业生计划和录用自主权，否则毕业生可解除协议而无须承担违约责任。
2、平等协商原则：
就业协议的双方在签订就业协议时的法律地位是平等的，一方不得将自己的意志强加给另一方。
学校也不得采用行政手段要求毕业生到指定单位就业（不包括有特殊情况的毕业生），用人单位亦不应在签订就业协议时要求毕业生交纳过高数额的风险金、保证金。
双方当事人的权利义务应是一致的。除协议书规定内容外，双方如有其他约定事项可在协议书"备注"内容中加以补充确定。
扩展资料：
就业协议的解除分为单方解除和二方解除。
1、单方擅自解除协议属违约行为，解约方应对另一方承担违约责任。
如学生未取得毕业资格，用人单位有权单方解除就业协议，毕业生录用之后，可解除就业协议；
或依协议规定，毕业生未通过用人单位所在地组织的公务员考试，用人单位有权解除协议，此类的单方解除，解除方无须对另一方承担法律责任。
2、二方解除
毕业生和用人单位双方经协商一致的二方解除，共同消灭原订立的协议，使协议不发生法律效力。
此类解除因是双方当事人真实意思表示一致的体现，双方均不承担法律责任，双方解除应在就业计划上报主管部门之前进行，如研究生录取后的二方解除。
参考资料来源：百度百科-就业协议书
参考资料来源：百度百科-三方协议
二，违约金的定义：
1，当事人完全不履行或不适当履行债务时，必须按约定给付对方的一定数额的金钱或者金钱以外的其他财产；
2，违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁；
3，违约金的设立，是为了保证债的履行，即使对方没有遭受任何财产损失，也要按法律或合同的规定给付违约金；
4，违约金的标准依法定或双方在合同中书面约定。
三，违约金的分类：
①惩罚性违约金，其作用全在惩罚，如果对方因违约而遭受财产损失，则违约一方除支付违约金外，还应另行赔偿对方的损失；
②补偿性违约金，是对合同一方当事人因他方违约可能遭受的财产损失的一种预先估计，给付了违约金，即免除了违约一方赔偿对方所遭受的财产损失的责任；即使损失大于违约金，亦不再补偿。
四，《中华人民共和国合同法》第114条第一款规定：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
